Cuando solo participan tío y sobrino, ambos de sexo masculino, la forma más eficaz de abordar la investigación es mediante el estudio del haplotipo del cromosoma Y, que se hereda por línea paterna de forma idéntica en ausencia de mutaciones.
De esta forma si ambos participantes están emparentados por línea paterna, compartirán el mismo haplotipo del cromosoma Y.