Quando apenas o avô está envolvido e o neto é do sexo masculino, a melhor abordagem seria estudar o haplótipo do cromossoma Y, que é herdado de forma idêntica de pai para filho, exceto no caso de mutações genéticas.
Assim, se estiverem relacionados, tanto o avô como o neto partilharão o mesmo haplótipo do cromossoma Y.
O haplótipo do cromossoma Y indica que ambos os participantes estão relacionados através da linha paterna, mas não podemos especificar que tipo de relação existe entre eles, ou seja, podem ser avós-netos, tios-sobrinhos ou outras relações, pelo que este teste só é útil quando se sabe com certeza que os possíveis pais biológicos do neto não estão relacionados entre si através da linha paterna.